Mayat beliau dijumpai di bilik nombor 208 oleh seorang pembantu hotel (chambermaid) berkenaan. Menurut akhbar NST yang melaporkan peristiwa tersebut menyatakan, kepala beliau telah dipukul dan di leher beliau terdapat kesan tikaman. Walaubagaimanapun, fakta ini dikatakan berbeza sedikit dengan akhbar yang lain.
Sebelum pembunuhan beliau berlaku, terdapat desas-desus mengenai rombakan organisasi Wanita UMNO Sabah yang dilakukan oleh bekas Ketua Wanita UMNO, Datuk Dr Siti Zaharah untuk menghalang Datuk Norjan daripada menjadi Ketua Wanita UMNO Sabah. Hal ini dikatakan kerana tersebarnya gambar-gambar aksi memalukan arwah dan hal dalaman yang lain.
Pesuruhjaya Polis Sabah, Datuk Iliyas Ibrahim memulakan siasatan awal pada 13 februari 2004 dan menurut beliau, motif pembunuhan kemungkinan besar adalah disebabkan oleh cemburu dan dendam. Namun begitu, dalam tempoh 24 jam, Polis Sabah telah menukar kenyataan bahawa motif pembunuhan adalah rompak dan bunuh.
Motif pembunuhan tersebut ditukar walaupun hampir semua akhbar telah menyiarkan kenyataan bahawa barangan Datuk Norjan tidak ada yang hilang dan bilik hotel tempat mayat dijumpai dalam keadaan kemas.
Suspek bagi kes ini adalah; Azman Bakar @ Samsudin Mustamin, seorang pembantu hotel yang berasal dari Indonesia. Namun suspek telah dilepaskan pada 12 Ogos 2004 kerana ketiadaan bukti yang kukuh.
Semasa perbicaraan, saksi ke-22, seorang peniaga Pakistan, Amir Khan telah mengaku berjumpa mangsa di bilik tidur, diurut badan dan kemaluannya oleh PA Datuk Norjan Khan sehingga memancutkan air mani. Walau bagaimana pun, kenyataan beliau bercanggah dengan bukti DNA air mani beliau yang terdapat di dalam kemaluan Datuk Norjan Khan semasa autopsi dijalankan.
Oleh kerana untuk membentuk kes prima facie hanya mengharapkan keterangan Amir Khan yang telah diputuskan sebagai saksi tidak boleh dipercayai serta kekurangan motif bagi melakukan pembunuhan, maka suspek utama bagi kes ini dibebaskan.
Kenyataan yang dikatakan oleh saksi telah mengundang kemarahan pihak keluarga arwah. Anak sulung arwah mengemukakan permohonan tujuh hari kepada Timbalan Pendakwaraya Noor bahri Baharuddin dan Mohd Azhar Hamin untuk meminta maaf dan mengemukakan bukti kukuh sekiranya terdapat perbuatan seks di antara Datuk Norjan dan peniaga Pakistan, Amir Khan. Walau bagaimana pun, permohonan Mohd Fazil Mohd Ali ditolak oleh Hakim Mahkamah Tinggi, Hakim Datuk Ian H.C. Chin.
